Давно уж такой фигнёй не страдаю. Достаточно не дергать накопитель во время операции записи и все будет ок. Это странное поверье про "извлечение" тянется с Win2000, где мелкомягкие зачем то включили кэш записи на внешние носители. На всех других осях никаких проблем нет.
А насчёт сервера: он в сети как находится? По ВиФи?