Alex Post , С моделью все в порядке, но из за вашего комментария решил проверить. Сделал схожую деталь (но стенки у трубы значительно толще), засунул в simplify и все стало понятно. Дырки в "крышке" там и должны по идеи быть, так как выше идет полая часть стенки трубы. А не полая она потому что оче...

Simplify3D, верхние слоя крышки, которые именуются "solid" нифига не solid. В них во всех дырки от выходящих труб. И только после печати последнего слоя начинается печать самой трубы в том месте, а на том месте пустота глубиной во все "solid" слои. Скорее всего какая-то настройка, но я найти не смог...